Seminar: AlphaFold v2.0 og RoseTTAFold

Dag 1, del 1

• Klas Pettersen, NORA - Velkommen og introduksjon av seminarserien
• Jon Lærdahl, Oslo Universitetssykehus & Universitetet i Oslo - Proteiner og teknikker for å predikere proteinstruktur: en introduksjon
• Inge Jonassen, Universitetet i Bergen - Beregningsmessig struturprediksjon, CASP og AlphaFold (v1 og v2)    
• Sameer Velankar, EMBL-EBI - AlphaFold database for proteinstrukturer

Dag 1, del 2

• Randy John Read, Cambridge University - Kvalitet på proteinstrukturer fra eksperimenter og simuleringer
• Jonas Verhellen, Universitetet i Oslo (teknisk leder): Teknisk veiledning om hvordan bruke våre implementeringer av AlphaFold v2.0 og RoseTTAFold:

1. Hvordan bruke algoritmene?                                                                                                                                
2. Visning av proteineksempler       
3. Prøv selv: Jobb direkte med koding. Arbeidet kan gjøres i grupper eller individuelt med veiledning. 

Dag 2, del 1

• Dr. Minkyung Baek, University of Washington: RoseTTAFold 
• Philippe Paul Auguste Robert, Universitetet i Oslo: Fra strukturell biologi til praksis: AI brukt på ultra-store datasett for legemiddelutvikling
• Morten Dæhlen / Sabry Razick, Universitetet i Oslo: The Fox-klyngen ved Universitetet i Oslo og krav for bruk av AlphaFold v2 og RoseTTAFold 
• Inger Berg Ørstavik, Universitetet i Oslo, Institutt for privatrett: Lisensiering og juridiske restriksjoner for bruk av AlphaFold, RoseTTAFold og AlphaFold database for proteinstrukturer
• Jon Lærdahl, Oslo Universitetssykehus & Universitetet i Oslo. Utvalgte casestudier og resultater, inkludert diskusjoner

Dag 2, del 2

• Victor Greiff, Universitetet i Oslo: Fremtidige perspektiver: fra struktur til funksjon
• Jim Brase, Lawrence Livermore National Laboratory, Med-leder av The ATOM consortium og Deputy Associate Director for Computing: The ATOM consortium: fra proteinstruktur til lege til legemiddeloppdagelse
• Paneldebatt med Randy Read, Jim Brase, Jon Lærdahl, Inge Jonassen, Victor Greiff. Moderator: Klas Pettersen 
• Klas Pettersen, NORA. Avslutning